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妖后干政，祸乱中原，皇帝生命岌岌可危，太子年幼，尚不能安定天下。外表风流不羁，实则精忠为国的年轻太傅苏染，为了保护落入妖后手中的国家，以及未来的皇帝，他决定找到传说中能够打倒妖后—阴阳家司空明月的赤霄剑。苏染命令下属月影保护皇帝，自己和青梅竹马紫寒踏上了前往“幽灵山庄”，寻找“赤霄剑”的旅程。经过重重考验，紫寒意识到原来苏染就是墨家的传人，而赤霄剑，就是苏染父亲联合一众墨家长老共同打造。到达山庄的二人与山庄长老之子池霖会和，前往赤霄剑的埋藏地。。故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后，宽永三年，甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场意想不到的战争之中。。